健康的肠道中生活着数以万亿计的微生物，它们与我们人类共同进化，它们的生存依赖于我们，就像我们的健康也依赖于它们一样。例如，我们为细菌提供营养，细菌控制我们的免疫系统，消化某些我们无法消化的碳水化合物，并制造我们无法产生的维生素和其它重要化合物。这种奇妙的共生关系有助于我们身体的许多重要功能，维持我们的身心健康。
肠道菌群可以以多种方式影响我们，从我们如何储存脂肪到我们是否感到快乐、焦虑或抑郁等等。肠道菌群已经与越来越多的疾病联系在一起，比如克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠易激综合征以及肥胖、糖尿病和抑郁症等等。这些疾病不是由单个细菌所引起，而是由整个肠道菌群的变化引起的。
当正常的肠道菌群受到干扰时，无论是使用抗生素或是遭受细菌感染或是其它因素，都可能导致肠道菌群失调或小肠细菌过度生长。由于我们免疫系统的很大一部分是在肠道内，所以肠道菌群失衡在自身免疫性疾病的发生中也发挥重要作用，支持我们的肠道菌群可能有助于预防甚至治疗自身免疫性疾病。
什么是自身免疫性疾病？
身体的免疫系统是一个强大的盾牌，保护身体免受外来入侵者、毒素和可能导致疾病的异常过程的伤害。免疫系统的健康通常被视为身体整体健康的一个衡量标准。免疫系统是身体的安全部队，它可以保护我们免受外来的各种有问题的物质的侵害。当身体不平衡发展到一定程度，癌细胞开始生长时，免疫系统也有责任分解肿瘤细胞，停止癌症进程。为了更好地发挥各种作用，免疫系统非常复杂，使之能够应对几乎任何挑战。
然而，当同样的免疫反应开始攻击自身的细胞和组织时，这些强大的过程会引发一连串的效应，从而导致身体出现疾病，其结果就是自身免疫性疾病。自身免疫性疾病通常被定义为机体免疫系统攻击自身细胞和组织的过程。目前对自身免疫的理解认为这种自我攻击是免疫系统犯的一个错误。通过攻击健康组织，免疫系统导致了一个疾病过程，而不是保护身体免受疾病的侵害。
正常情况下，免疫系统只会对特定的病原体做出反应，比如感冒病毒，一旦病原体被清除，免疫系统就会恢复到正常状态。在自身免疫性疾病的情况下，免疫系统往往保持高度警惕，导致慢性炎症。
人体有超过150种自身免疫性疾病，自身免疫反应几乎可以影响身体的每一个器官系统。据估计，全球大约有5-8%的人口受到自身免疫性疾病的威胁，而且这一数字还在逐年增加。
那么，究竟是什么原因导致免疫系统攻击正常健康的人类细胞呢？
自身免疫性疾病的罪魁祸首
一个人要患上自身免疫性疾病，通常认为必须存在三个不同的因素：遗传易感性、环境诱因和肠漏。这三个因素被证明是大多数自身免疫性疾病发生的必要条件。
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遗传易感性：某些基因使个体更容易患上某些疾病。如果一个人有自身免疫性疾病的家族史，那么你发生自身免疫性疾病的风险也更高。
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环境诱因：自身免疫性疾病发生的第二因素是环境诱因。并不是说一个人拥有了易感基因就一定都会得自身免疫性疾病，这还取决于他的生活方式，包括饮食选择、接触毒素和压力等。由于生活方式不同，一个人的基因可能表达出来，而另一个可能没有。环境和生活方式会影响基因的表达，决定我们的健康或疾病状态的是基因周围的环境，而不是基因本身。我们的身体可能暴露于各种不健康的环境诱因中，包括有害的食物、有害的细菌、病毒、日化用品、杀虫剂、防腐剂或食品添加剂等等。当环境毒素累积到一定程度，超过我们所能承受的阈值时，就可能导致疾病的发生。
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肠漏：所谓肠漏就是肠道通透性增加，也就是肠道细胞之间的紧密连接受到了破坏，这使得一些原本不能通过的大分子物质（比如未完全消化的食物或细菌等）穿过肠壁进入我们的血液，从而触发免疫反应，导致全身性炎症。肠漏的原因有很多，比如食物过敏、有害食物的摄入、肠道感染或慢性压力等。
肠道菌群在自身免疫性疾病中发挥作用吗？
现在，人们越来越关注肠道菌群在健康和疾病中的重要性，即使是轻微的失衡也会产生深远的后果。很明显，肠道菌群深刻地影响着我们的免疫系统，越来越多的研究也提供了关于肠道菌群的变化如何作为自身免疫性疾病发生的触发因素的见解，表明肠道菌群的健康可能是我们是否会患自身免疫性疾病的关键因素。
就全球发病率和死亡率而言，1型糖尿病和类风湿性关节炎是两种最常见的自身免疫性疾病。下面我们就以这两种疾病为例，看看肠道菌群是如何在自身免疫性疾病中发挥作用的。
1型糖尿病
1型糖尿病是一种自身抗体破坏胰腺中产生胰岛素的β细胞的自身免疫性疾病，导致胰岛素缺乏和血糖异常。大多数患者是在儿童或青少年时期被确诊。1型糖尿病具有一定的遗传相关性，然而，在对双胞胎的研究中，只有大约50%的双胞胎会同时患上这种疾病，这说明了疾病的发生不仅仅依赖于基因。
针对1型糖尿病患者和健康人群肠道菌群差异的研究发现了以下差异：
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患有1型糖尿病的儿童体内有益细菌较少。
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患有1型糖尿病的儿童肠道细菌的稳定性和多样性较低。
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有1型糖尿病和无1型糖尿病的人群的肠道菌群组成和代谢能力均存在显著差异。
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1型糖尿病患者在接受治疗使血糖水平正常化后，这些个体的微生物多样性也恢复了。
总的来说，1型糖尿病与正常肠道菌群的破坏存在着关联。此时，这种疾病并不是由单一的病原体所引起的，在遗传易感的个体中，正常肠道菌群的破坏提供了疾病可能发生的环境。
类风湿性关节炎
类风湿性关节炎影响着世界范围内多达1%的成年人，这是一种自身免疫性疾病，会影响全身的许多关节，最常见的是手、足、腕和踝关节。
与1型糖尿病一样，类风湿性关节炎存在一定的遗传关联。然而，对双胞胎的研究再次证明，与1型糖尿病相比，遗传在类风湿性关节炎的发生中发挥的作用更小。研究再次证实了肠道菌群与类风湿性关节炎的发生和进展之间的关系。
口腔菌群和健康也和类风湿性关节炎存在着一定的关联：
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与健康人相比，新诊断的类风湿性关节炎患者有更严重的牙周炎和更多的牙齿脱落，尽管口腔卫生正常。
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患者牙周病的严重程度可与其类风湿性关节炎疾病活动的严重程度相关。
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在动物模型中，生活在口腔中的特定细菌会增加关节疾病的严重程度。
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一些特定的细菌既存在于类风湿性关节炎患者的牙菌斑中，也存在于其关节液中。
许多其它自身免疫性疾病与肠道菌群之间的关系也逐渐被探索，越来越多的证据也表明肠道菌群的破坏与其它许多类型的自身免疫性疾病的发生有关，包括乳糜泻、系统性红斑狼疮、自身免疫性脑脊髓炎、桥本氏甲状腺炎等等。
这些研究大多还只是证实肠道菌群的变化与自身免疫性疾病之间存在明显的相关性，我们还不完全清楚是肠道菌群失调导致了自身免疫性疾病的发生，还是免疫系统的过度活跃和错误攻击导致了肠道菌群失调。然而一些旨在调节肠道菌群的干预措施似乎可以改善某些自身免疫性疾病的症状，这似乎提示了肠道菌群在自身免疫性疾病发生中的作用。
总结
肠道菌群对于免疫系统的发育至关重要，我们整个免疫系统的70-80%存在于肠道中。肠道是免疫系统的训练营，肠道细菌与免疫系统协同工作，可以帮助我们形成健康的免疫反应，但是一旦失衡，就可能引发疾病，比如免疫系统错误地攻击我们自身的细胞，那就是自身免疫性疾病。
当肠道菌群失衡时，有害细菌过度生长，这可能导致肠道通透性增加和引发全身性炎症，从而增加自身免疫性疾病的风险。许多影响肠道菌群的因素也正是增加自身免疫性疾病风险的环境诱因。其中，饮食是导致自身免疫性疾病发生的最大环境诱因之一，控制饮食是维持健康肠道菌群以及治疗自身免疫性疾病的关键之一。
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