我们绝大多数人都有过去医院看病的经历，通常临床医生会对我们做出诊断，然后针对每种诊断都有标准的治疗方法。所以，我们通常会发现，不同的人在被诊断为同一种疾病时会得到同样的治疗，而这些治疗通常专注于缓解症状。
然而，要想获得真正的治疗，我们必须发现疾病的潜在机制，而不是专注于症状缓解，这也决定了没有千篇一律的治疗方法，因为我们每个人都是不一样的。两个诊断相同的人可能需要完全不同的治疗，同时，两个诊断完全不同的人也可能从相同的治疗中受益。
例如，肠易激综合征、偏头痛、注意力缺陷障碍和纤维肌痛可能看起来像是不同的诊断，但它们可能都有肠漏或食物不耐受的潜在原因。另一方面，三个肠易激综合征患者可能有完全不同的潜在原因，包括小肠细菌感染、保护性细菌的缺乏、纤维摄入过少、食物不耐受、神经递质失衡等等。
那么我们如何开始寻找潜在的机制呢？
我们的身体是一个完整的生态系统，身体某个部位出现的症状可能是由一个完全不同的系统的失衡所引起的。身体各个部位是相互联系在一起的，而肠道似乎是这种联系的中心。长期关注我们的朋友知道，肠道功能异常会影响我们整个身体的健康，包括看似与消化系统无关的疾病。
肠道不好为什么会影响整个身体的健康呢？
在前面我们探讨了其中两个重要的因素：消化吸收不良和肠漏。感兴趣的可以参阅：
肠道不好为什么容易引发一身病？（1）：消化和吸收不良
肠道不好为什么容易引发一身病？（2）：肠漏
接下来我们探讨下一个重要因素——肠道微生物。
肠道微生物
宇宙大爆炸之后的第一个生命形式就是微生物，从冰川到海洋，从火山到温泉，微生物几乎遍布在地球上的每一个地方。线粒体（细胞能量工厂）以及细胞中的大部分细胞器，很久以前都源自细菌。植物中的叶绿体最初也是细菌。
我们身体也携带有数以万亿计的微生物，其数量甚至远远超过人体自身细胞的数量，它们所编码的基因数量是我们自身基因组所编码的基因的150倍，它们被称为人体共生微生物。从这个意义上说，我们不只是一个人，而是一个细菌的集合体。这些微生物生活在我们的消化道、皮肤、眼睛、呼吸道、口腔和阴道中。研究已经开始证明，大脑、血液和肾脏中也存在着不同的微生物群落。随着研究的展开，我们未来可能会在人体每个组织和器官中发现微生物。
同时，在我们的微生物群落中也有大量的病毒，据估计，病毒的数量是细菌的两倍，这些病毒被称为噬菌体，它们扮演着牧羊人的角色，帮助保持细菌的平衡，并帮助清除那些可能使我们生病的细菌。
在过去的十多年里，对人类共生微生物的研究如雨后春笋般涌现。关于微生物群落有几个新兴的概念和理论：
1、 微生物与我们共同进化，它们在决定我们整体健康方面发挥着巨大的作用。
2、 拥有一个多种化的微生物群落是最佳健康的关键。
3、 现代人正在失去大量的微生物，从而丧失了菌群多样性，这也为许多疾病的发生奠定了基础。
我们每个人的共生微生物群落就像我们的指纹一样是独一无二的，绝大多数位于我们的肠道中，我们的肠道中有500到1000种细菌，每一种都有数百种不同的菌株。这些微生物与人类共同进化，已经成为我们不可或缺的一部分。它们来自于经过培养和发酵的食物，来自于我们放进嘴里的手指，以及通过出生和其它事件。有些是永久居民，而有的只是过客。
尽管到目前为止，我们已经在不同人的胃肠道中发现了4万种不同的细菌，但其中80-90%来自两个细菌门——拟杆菌门和厚壁菌门。人类肠道微生物群落中的主要细菌门有：
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拟杆菌门（Bacteroidetes ）：包括拟杆菌属、普氏菌属细菌等。
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厚壁菌门（Firmicutes）：包括乳酸杆菌科、芽孢杆菌属、肠球菌属、丹毒丝菌属细菌等。
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放线菌门（Actinobacteria）：第三丰富的细菌门，包括双歧杆菌属、分枝杆菌属细菌等。
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变形菌门（Proteobacteria）：包括很多致病菌，比如大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌和幽门螺旋杆菌等。
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还有疣微菌门和广古菌门等
尽管大多数关于微生物的报道都是关于那些使我们生病的微生物，但大多数微生物其实是与我们和谐相处的，许多微生物甚至还为我们提供好处。肠道微生物主要有三种类型：一是使我们生病的病原菌；二是促进脂肪、蛋白质和碳水化合物的消化，合成短链脂肪酸和维生素的中性菌；三是有益菌，它们通过制造维生素和调节免疫功能来为宿主提供健康益处。
确实，当我们想到细菌时，在我们的文化中，我们主要想到的是病原体，并使用洗手液、肥皂和家用清洁剂来保护自己免受它们的伤害，比如沙门氏菌、志贺氏菌、假单胞菌、霍乱弧菌和艰难梭菌等等。它们可以以一己之力压倒我们的健康，导致急性或慢性疾病。有些细菌具有极强的毒性，能引起突然而剧烈的疾病。我们的身体会对有毒细菌产生反应，导致腹泻、发烧、食欲不振和呕吐，这是身体在试图将它们清除出去。大多数致病性微生物在人体正常体温下会大量繁殖，而发烧则会使它们过热而死亡。
有些细菌会产生比细菌更容易导致炎症的毒素。许多病原体的毒性较弱，会导致很微妙的症状，我们通常会与之共存。然而，引起慢性疾病的细菌通常也是低毒性的，它们通常在我们所有人体内都有少量存在，而且一直被认为是无害的，它们通常处于有益细菌的控制之下。但是，当它们有机会大量繁殖时，它们可以而且确实会导致疾病。
健康的肠道微生物群落就像一个隐形的器官，它是免疫系统的主要部分，它保护我们免受致病性微生物和寄生虫的侵袭，影响药物效果，影响我们是胖是瘦、是喜是悲，决定我们的营养状况和整体健康。肠道微生物也会间接影响身体每一个器官系统，我们身体百分之九十九的新陈代谢依赖于我们的共生微生物，包括我们的线粒体产生多少能量。
这些微生物来自哪里？
在出生之前，我们通过胎盘从母亲那里获得营养。人们一直认为婴儿出生时是无菌的，但是最新的研究表明，有些微生物在婴儿出生前就通过胎盘转移到了婴儿体内。然而，肠道细菌的定植主要发生在出生后，并在2-3岁左右达到成熟。
这个过程通常以一种可预测的方式发生，一旦定植，细菌就会迅速繁殖。正是在这段时间里，我们建立了我们一生的微生物指纹，这是我们整体免疫和新陈代谢的基础。
出生后，婴儿在吃奶和吮吸乳头时会接触到母乳中和乳头上的细菌，在吮吸手指和脚趾的时候会接触到自己皮肤上的细菌。每一次呼吸和触摸，细菌都会聚集在婴儿的皮肤和黏膜上。很快，结肠中每一个空间都被微生物所占据。在生命的最初几天里，大肠杆菌和链球菌会定植。在出生一周内，乳酸杆菌和双歧杆菌在母乳喂养的婴儿肠道内定植，而拟杆菌和梭菌会在配方奶喂养的婴儿肠道内增加。当婴儿开始添加辅食时，他们开始逐渐形成一种更像成年人的微生物平衡。婴儿时期形成的细菌定植模式将持续影响我们的一生，而我们让孩子们接触的食物和药物会极大地影响这种微妙的平衡。
这些微生物的平衡是动态变化的，取决于母亲的微生物、分娩地点、是阴道分娩还是剖腹产、婴儿是足月还是早产、卫生状况（如果过度卫生的话，会破坏正常的平衡）、抗生素的使用、是否有兄弟姐妹，婴儿是母乳喂养还是配方奶喂养，婴儿是否接触到宠物或农场动物，以及食用的食物等。
婴儿如果不能正确地定植友好的菌群，可能变得易怒和绞痛。随着年龄的增长，肠道菌群发育不平衡的婴儿也更容易患腹泻、便秘、肠易激综合征、过敏、哮喘和湿疹，更容易患痤疮甚至出现心理问题。
在一项生长速率和益生菌补充的研究中，补充双歧杆菌的婴儿在他们生命的前六个月表现出更好的生长；在另一项研究中，补充嗜酸乳杆菌和干酪乳杆菌可以降低6个月至2岁婴儿支气管炎和肺炎的严重程度和发病率。在婴儿配方奶粉中添加益生菌可以减少对抗生素的需求，并通过增强早产儿的免疫系统来帮助防止感染。益生菌还可以安抚宝宝的绞痛。
那些因素影响肠道菌群？
我们的肠道菌群受到我们的饮食和气候的影响，它与我们的祖先非常不同，我们的祖先很少旅行，饮食也比较单一。药物、化学物质、顺产或剖腹产、母乳喂养或配方奶喂养、压力、饮食和生活方式都会影响这些肠道细菌的平衡。细菌感染、抗生素的使用、高压力水平、过量饮酒、不良饮食以及其它一些因素都可能破坏肠道中有益细菌的微妙平衡，导致有益细菌大幅减少。这时，致病性细菌和真菌通常会大量繁殖，导致腹泻、腹胀和腹痛等症状。如果不加以控制，它们可能会导致肠易激综合症等长期疾病，还可能影响全身，导致一系列慢性疾病的发生。
细菌之间会彼此“交流”，当数量足够多时，它们就开始作为一个群体工作，这被称为“群体感应”。在健康和疾病中都有群体感应的过程，这就好比集结了足够多的军队之后，才会试图开始战斗。我们的基因和细菌之间的相互交流控制着我们的新陈代谢，调节着我们的免疫系统。肠道菌群的不平衡也被发现与许多问题有关：
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过敏
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哮喘
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乳糜泻
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肠易激综合征
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糖尿病
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肥胖
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心血管疾病
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心脏病
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心力衰竭
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肾病
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肝脏疾病
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自身免疫性疾病
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癌症
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风湿病
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湿疹
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皮肤状况
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口腔健康
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自闭症
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心理健康
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情绪障碍
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睡眠障碍
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神经系统疾病
健康和疾病中的生物膜
生物膜是生活在群落中的细菌、真菌和其它微生物的聚集体，它们可以是有益的，也可以是有害的，它们是人体不可或缺的一部分，可以在口腔、肺部、消化系统、鼻孔、泌尿生殖系统等部位找到。健康的人有健康的生物膜。生物膜的运作就像企业一样，联合起来做伟大的工作。它们组织良好，有助于维持我们的许多微生物群落。
然而，当生物膜变得失调时，它们就很难被清除。淀粉基质会保护生物膜不受环境影响，使其对抗生素和巨噬细胞的反应降低。牙周病就是这样一个常见的例子。
据信，人类70%的细菌感染是由生物膜引起的。它们以牺牲我们为代价找到一个舒适的生存环境，并与囊性纤维化的肺部感染、牙周病、尿道感染、慢性伤口、慢性耳部感染念珠菌感染、移植等有关。例如，想象一下，我们把一个支架或起搏器放进心脏里，它开始形成一个生物膜，里面充满念珠菌。这些特殊的生物膜可引起心内膜炎，即心腔和瓣膜内的一种感染。感染性生物膜对抗生素具有耐药性，与普通感染相比，要消除这种生物膜需要100到1000倍的抗生素。如果免疫系统不能正常工作，这些生物膜可能会导致危及生命的感染。
人们对人体生物膜的预防和治疗知之甚少，正在研究的一些想法包括：
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一些研究推测，有足够的胆汁有助于防止生物膜的形成。
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牙科领域在生物膜的研究中处于领先地位。益生菌被发现可以帮助在口腔中产生健康的生物膜，并已证明对牙龈炎患者有益。
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其它研究也在寻找其它益生菌补充剂，以使生物膜正常化。一些研究人员发现大肠杆菌Nissle 1917菌株有助于形成健康的生物膜，将致病的大肠杆菌排挤出去，这对治疗溃疡性结肠炎特别有用。
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其他研究人员报告说，益生元的使用，比如菊粉，可以支持健康的生物膜和健康的肠道。一组研究人员发现牛至油和百里香油的成分，能够有效抑制生物膜的形成。
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壳聚糖（chitosan）也被证明可以分解心脏内主要由一种叫做新型隐球菌的致病菌组成的生物膜。
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在我们的眼睛中，乳铁蛋白通过与铁结合来防止感染，因为铁是致病微生物生长和生存所必需的。它似乎还能抑制眼部生物膜的形成。此外，乳铁蛋白可以帮助控制口腔生物膜的形成，并对牙龈炎患者有用。相反，鼻窦中乳铁蛋白水平的减少增加了生物膜的形成和复发性鼻窦感染。我们可以通过补充乳清、初乳来提高乳铁蛋白水平。
究竟是破坏生物膜好，还是优化它们更好，存在很多争论。可能没有一个放之四海而皆准的方法，但我们认为最好是和平共处，而不是战争。当我们破坏生物膜时，我们也可能破坏身体其它部位的健康生物膜，这可能给我们带来其它不可预见的健康后果。
平衡肠道菌群
影响肠道菌群的因素有很多，但是调节肠道菌群最快的方式是饮食。现代饮食中的大多数食物对我们的肠道菌群几乎没有或根本没有好处。这些食物通常高糖高脂低纤维，含有大量的添加剂，可能还有抗生素、激素和农药的残留，它们被剥夺了营养和灵魂。我们可以通过改变饮食在24小时内改变我们的肠道菌群，这意味着不健康的饮食会很快破坏我们的肠道菌群，也意味着我们可以通过健康饮食来帮助恢复我们的肠道菌群平衡，但是想要永久地改变它，我们需要坚持改变我们的饮食习惯。食物赋予我们生命。
对微生物有益的食物
富含蔬菜、水果、坚果、种子、全谷物和豆类等的饮食似乎是肠道菌群赖以生存的食物，这些食物富含益生元，它们是肠道有益细菌的食物。
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对于健康人来说，地中海式饮食是一种比较健康的饮食选择。地中海式饮食模式被发现与癌症、心血管疾病、糖尿病和几乎所有慢性疾病的减少有关。这种饮食模式其中的一个最重要部分还包括大部分时间都在家做饭，与朋友和家人一起吃饭。
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每餐吃一些富含益生元的食物。益生元是可以通过选择性地刺激结肠中的一种或少数几种细菌的生长或活性而对宿主产生有益影响的不可消化的食物成分，从而增进宿主健康，简而言之就是有益微生物的食物，喂养乳酸杆菌、双歧杆菌和其它有益微生物。原来益生元被认为只是可溶性纤维，比如坚果、豆类、根茎类蔬菜和水果中发现的那些纤维，而新的共识认为能够被宿主的菌群选择性利用并转化为有益于宿主健康的物质都是益生元。有益微生物和富含益生元的食物一起进化，相互合作才能发挥作用。富含益生元的食物为产短链脂肪酸的微生物提供了食物，这些短链脂肪酸是我们结肠的主要能量来源，而结肠是绝大部分微生物的家园。它们提供能量，帮助维持和修复结肠，是我们整体健康的关键。关于服用益生元补充剂的警告：2018年10月发表的一项研究报告称，当小鼠补充不含不溶性纤维的益生元时，患肝功能障碍和肝癌的风险会增加。当然，这只是小鼠中的研究结果，不能直接应用到人类。但这也给我们一个警示，不要盲目的大量补充益生元，最好的方法还是通过饮食，吃天然安全的真正的富含益生元的食物。
破坏肠道菌群的食物
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高度精制和加工食品：它们占据了我们现代饮食的绝大部分。白米白面等精制谷物缺乏膳食纤维和营养以及添加糖和高果糖玉米糖浆等，会促进肠道有害细菌的生长，导致肠道菌群失调，增加全身炎症。精加工食品中往往添加大量食品添加剂，它们也是导致肠道菌群失调的一大隐患。
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吃快餐也会破坏肠道菌群。快餐已经多次被证明会增加肠道菌群失调，主要的罪魁祸首是高饱和脂肪、人工甜味剂和糖。
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乳化剂：在小鼠身上进行的研究发现，极低浓度的乳化剂羧甲基纤维素、聚山梨醇酯-60和聚山梨醇酯-80会增加患炎症性肠病的风险。据推测，在有溃疡性结肠炎或克罗恩病遗传风险的人群中，这些乳化剂也可能引发这种疾病。并不是所有的乳化剂都有风险，比如卵磷脂似乎可以保护肠道内壁。
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人工甜味剂：阿斯巴、三氯蔗糖和安赛蜜等人工甜味剂，也对肠道菌群有直接影响。对一些人来说，这些物质会直接导致血糖水平升高和肥胖。讽刺的是，大多数人使用人工甜味剂是为了控制体重，但它们从未被证明有实际帮助。新的研究表明，它们实际上反而使我们对胰岛素不那么敏感，从而增加体重，导致2型糖尿病。
总之，曾经被认为应该“见一个杀一个”的细菌其实并不是那么可怕，我们的肠道也是细菌的家园，它们不断对我们无害，还是我们健康的关键。现代科学已经明确地告诉我们，大多数现代疾病都与肠道菌群的破坏有关。
肠道菌群就是驱动人类健康的引擎，在维持整体身心健康中发挥重要作用。肠道菌群的破坏可以让我们生病，我们也可以利用肠道菌群来造福于我们。肠道菌群的平衡至关重要，与其试图消灭坏菌，不如让我们一起努力，通过健康的饮食和生活方式，赋予好菌力量，恢复肠道菌群的健康平衡，让坏菌无可趁之机，让数以万亿计的细菌小伙伴能够和谐共生，这才是我们维持身心健康的最好方式。
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